Para entender qué es Xgl cabría explicar previamente cómo está organizado Linux. Para ello, se suele recurrir a un simil con la estructura terrestre. El núcleo es el kernel o código encargado de gestionar los recursos del ordenador, es decir, su hardware. También tiene la función de recibir las peticiones del software para realizar las tareas que el usuario solicita a través del teclado o el ratón.

El manto interior es ocupado por el servidor X o gestor gráfico del sistema. Su incorporación permitió al usuario de Linux interactuar mediante un sistema de ventanas como hizo originariamente Apple y luego Microsoft. Si originariamente el usuario de un ordenador con Linux se comunicaba con éste mediante una cónsola o pantalla que sólo admitía texto (como el originario DOS), gracias al servidor X, Linux comenzó a contar con un potente sistema gráfico.

Los escritorios (KDE, Gnome y otros) se situarían en el manto exterior. Añaden una segunda forma de interactuar con el sistema: las ventanas gráficas o escritorios. Ellos 'decoran' el sistema con ventanas generadas gracias a la existencia de un servidor X y lo inundan todo de applets, bordes, tipografías, colores, tapices, salvapantallas, resoluciones, aceleraciones gráficas, etc...

La corteza terrestre o litosfera es para los programas que necesita el usuario (los comandos, programas gráficos como OpenOffice, Firefox, el correo-e, los mensajeros instántaneos, etc...) A raiz de la existencia del servidor X, muchos programadores diseñan interfaces gráficas (GUI) para utilizar la gran mayoría de los comandos de Linux que corren en modo texto (cónsola) y que se ejecutan sin necesidad de tener instalado aquél (ls, rm, cpio, ifconfig, dir, ln...)

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